在三沙湾平静的海面上，上百艘以煤为动力的商船已经点火开始为锅炉加压，站在船舷边轮流呼吸新鲜空气的士兵或激动或淡然的望着三沙湾内密布的战舰。第三集团军以及舰队在5月1日下午3点15分召开会议，当吴佩孚走进会议室坐下后，脸上满是兴奋和激动，房间里一片肃静，气氛紧张但绝不压抑。司令官吴佩孚打破寂静， “现在……”吴佩孚环视诸军官， “我们要向台湾进军。”
当指挥官们乘坐交通艇登上所属战舰时，已经是4时02分，三沙湾内战舰、商船已经完成锅炉加压准备，整装待发。203艘 “潜山级”登陆舰、135艘商船以及1268艘登陆艇将把第三集团军以及海军陆战一师送至登陆滩头。
为了国防军历史上规模最大的一次两栖作战，海军航空兵侦察飞机在台湾本岛海岸上空进行数百次低空飞行，十分仔细、准确地拍摄海岸线。照片被迅速送往海军情报处，在那里聚集了从全国各地抽选的绘图员、地质学者、摄影技师和地理学家组成的团队。这支团队仔细地将众多单独照片拼凑在一起，组成一幅连续的海平面全景图。
全景图准确、详细，以至进攻战舰可以按照添加在上面的格子安置大炮。这给吴佩孚留下深刻印象，他下令将这幅图印刷四万份供各进攻部队进行战术研究，每一个军士都可以分配到一份地图，而军士们则在三沙湾海军基地开辟各个训练场上，以抢滩点为准，进行严格训练。不打无准备之仗是国防军的信条，登陆台湾是国防军第一次大规模两栖作战，也是第一次海陆空联合作战，是对国防军第三集团军的考验。
在三沙湾基地六座机场上，地勤人员对飞机进行最后的检查，从3月8日开始，从十三个基地转场至三沙湾海航以及空军部队的953架飞机，截止到今天已经飞行了大约47000多架次，袭击台湾海边防御工事和通讯目标、交通枢纽、军需仓库，总共投掷30700吨炸弹，他们将全力掩护登陆部队，尽一切可能在敌军向抢滩位置增援时，将他们重创于途中。
傍晚五时二十分，行动信号迅速传送到舰队，当作为突袭行动先锋的空降部队，还在福建各野战机场跑道草坪上酣睡，地面部队已在5月1日傍晚4时20分，在夜幕尚未降临时，开始向台湾进发的缓慢行程。
近700多艘各式船只，海军仅有的六艘袖珍战列舰和十二艘重巡洋舰、大型驱逐舰和小型护卫舰、坦克登陆艇和炮舰、部队运输船和强击登陆艇、抢修船和救护船、军火船、放烟幕船、导航船，从福建南部沿岸拥挤的港口出发，迄今为止最庞大舰队的舰只乘风破浪向位于三沙湾南端外的马祖列岛地区集结。所有看到这一恢弘阵容的人都不会怀疑拥有巨大力量的国防军将在未来战斗中取胜。
福建海岸警卫队员站在东引岛了望台里惊疑地注视着这支庞大舰队驶过。地平线上，东面是登陆艇舰队，西面是成排的主力舰为船队护航。当舰队消失在南面地平线上时，海岸警卫队员才回过神，他明白一切，开始在心中向佛祖、观世音为士兵们祈祷。有史以来规模最大的舰队继续前行，穿越一片平静的水域，风速为每小时10-16海里。
在颠簸而满载的船上，许多士兵和水手因晕船而疲惫，但没有任何人抱怨，即便早就厌倦晕船的陆军官兵们也是如此。第一次确切知晓登陆地点后，他们有的在甲板上和舱房里静静擦拭武器，有的挤在商船甲板上瞭望大海，时而交谈时而眺望海景，神情坦然，根本不为即将到来的战斗担心。
舰队乘风破浪，船只闪动信号，互相致意。扫雷艇以及反潜舰艇先于部队运输船行进，以防止日军海军在海峡内布雷。舰队在海军航空兵和空军掩护下，没有遭到潜水艇和鱼雷艇袭击，夜幕降临后，商船和登陆舰甲板上的士兵依次返回舱室。相比登陆舰上的舱室，商船改造的运兵船舱室，对于每一名陆军士兵，都是噩梦。其中一个货舱被改造成条件良好的军官居住舱，里面有医疗室、手术室、食堂和禁闭室。
军士和士兵则居住在面积较大的舱室，睡五层帆布通铺，每层并排睡三个人，因为大多数陆军士兵从来没出过海，当商船出海后，原本带尿臊味、汗臭和脚臭味的舱室又多了呕吐物的臭味和酸味，军官们对于环境显然很满意，用他们的话说：对士兵们而言，在这样的船上航行12至13个小时之后，一旦接到上岸命令，他们会像老虎一样急不可耐的冲上滩头，即便面前有100万日本兵，他们也不会再回到船上。恶劣的居住环境让士兵对将来艰苦的作战环境提前有心理准备。
“保持航速10节！”将手中望远镜放下，只有二十一、二岁的 “新富号”船长扭头对大副吩咐。在中国绝大多数商船上，船长和水手都很年青。共和六年之前，在中国和外国商船上有11万名中国籍海员，但却没有一名中国籍船长。国内实业发展与对外贸易的兴盛，让中国商船突然膨胀，爆发式发展，海员短缺严重，为了弥补，连年过70的老水手都被拉回船队。同时远洋航运集团通过短期培训的方式培训数万名海员进入商船队。
但
大量船长依然是外国人。共和六年十月，中国唯一一所航海高等学府，吴淞商船专科学校在停办两年后，由中华远洋运输集团接手重办，学校除聘请海军上将萨镇冰为校长外，还聘请上百名外籍教师，学校管理方式仿照葫芦岛海警学校，在学校中混杂培训商船的航海官员以及水手和技工。
与海军不同，有丰富航海经验的商船水手可以通过教育成为商船官员甚至船长，为了加快培训速度，将原本三年学制，改为两年，即便如此，航运公司和后来的国家海事委员会仍然觉得培训期过长，此后几年中不断缩短课程，导致一大批年青人成为船长，甚至出现了十九岁船长以及16岁轮机官。但在战争结束后，中国船运公司拥有175万吨商船和45万名船员，90商船官员都是中国人。