讨伐袁世凯。冯国璋鉴于全国讨袁运动兴起也就不再装病了。1916年3月9日致电袁世凯销假视事，从此放开胆量，公开反对帝制，遂成为“北洋派中反对洪宪皇帝之第一中心人物”。
冯国璋一面向袁世凯迭电密陈请“勿轻开战祸”，一面通过梁启超、胡鄂公等人与西南滇桂军阀唐继尧、陆荣廷信使往来，以促使西南独立和陆荣廷攻击广州，驱逐袁世凯死党龙济光；同时，又劝说四川的北洋军与护国军停战，并且指使四川、湖南将军陈宦、汤芗铭通电拒绝袁世凯的命令。当袁世凯派曹锟率北洋军入川与护国军接火之日，梁启超派人赴南京，请冯国璋协助蔡锷反对帝制维护共和。冯国璋对来使说：“我是他一手提拔起来而又比较亲信的人，我的电报对他是个重大打击。我们之间，不可讳言是有知遇之感的。论私交我应该拥护他的，论为国家打算，又万不能这样做，做了也未必对他有好处，一旦国人群起而攻之，受祸更烈。所以，我刚才考虑的结果，决计发电劝袁退位。”于是，冯叫秘书拟好两电，一电致袁世凯，劝其退位；一电分致鄂赣与西南各省，表示他反对洪宪帝制的态度。
不仅如此，冯还主动联络江西李纯、浙江朱瑞、湖南汤芗铭、山东靳云鹏等将军联名发出密电向各省将军征求收拾时局的意见，时称“五将军密电”，其电文内容，要求南方阵营取消独立，退出战区，保护战地人民。要求北方袁氏集团取消帝制，惩办复辟帝制罪魁，请元首自行辞职以觇全国人民之意思。可见“五将军密电”是冯国璋企图以“中立”省将军首领的名义，召唤非独立各省区，形成第三种力量，以图联合护国军，打倒袁世凯的一种计谋。
3月19日，当直隶省巡按使朱家宝将“五将军密电”呈送袁世凯过目时，袁气急之下,几乎晕倒；帝制派见此电，亦个个瞠目无词，足见“五将军密电”对袁氏复辟帝制的打击程度。袁世凯鉴于全国人民反对帝制斗争正方兴未艾，内部已处四分五裂、众叛亲离之势，深知已临灭顶之灾，但为了仍然保住权力，企图继续盘踞大总统职位，便于3月22日宣布取消帝制。
自从“五将军密电”泄漏后，冯国璋与袁世凯的裂痕更无法掩饰。于是冯国璋一不做，二不休，决定对袁施加更大压力，以迫其将政权让予他。为此，冯于4月1日和16日公开致电北京政府，劝袁及早退位。各省军阀纷纷效尤，亦先后通电劝袁世凯迅速退位，袁世凯不得不派亲信阮忠枢南下向冯国璋乞情。冯国璋在阮忠枢的请求下，答应联络各省，担任调停。5月18日，冯国璋邀集未独立各省在南京召开代表会议。冯国璋意图通过南京会议逼袁下台，由他取而代之。但由于倪嗣冲的破坏和各省区将军代表谋略不一，遂使南京会议夭折。冯弄巧成拙，被舆论斥责为：“与其名为解决袁氏地位之会议，毋宁名为解决自己地位之会议。”
袁世凯复辟帝制激起了全国人民的无比愤怒，导致护国战争爆发，北洋军阀集团内部四分五裂，袁世凯于1916年6月6日在全国人民的声讨声中，忧惧而死。在此过程中，冯国璋起了一定作用。
工作作风
在待人方面，冯国璋非常宽厚。有人认为冯从来就是一个懒看公事的人，这种说法不符合事实，冯对于明码的或是密码的来往电报，一般是件件过目。特别是关涉到政治大事的一些电稿，更是字斟句酌，绝不马虎。
对于一般的文稿就有所不同了，如当冯在直隶都督任上的时候，他白天晚间都在忙于会客，这时，他没有时间看文稿。
当然，有些特别紧要的文稿，还是由胡嗣瑗和恽宝惠趁着他会客的间隙随时拿上去请示他过目画行，只有等他晚间会完了客，这才由主管给他送文稿的一位王芷瓶秘书把当天的文稿汇齐拿上去请他画行。
他对于文稿，只是画而不是看。
他的画行办法是这样：当那王秘书把当天的一些文稿拿到他面前的时候，就由他所用的上差把这些文稿鱼鳞似的摆在了一张可以容纳12个人围坐的大餐桌上，这一件文稿和那一件文稿之间，仅仅留下了印有“都督冯”三个字的一行空隙。
这时，冯便手里拿着墨笔，由上差捧着墨盒，挨次地从前到后画上他那草书的符字。
这样画来画去，不一刻也就画完了。
但是，却从来没有看到过他翻看一下那文稿的事由，至于它的内容，就更不在话下了。
有的人说冯懒看公事，大概就是指着上面的这种情况而言的吧！尽管如此，他却从来没有像段祺瑞那样，不但在公文上画行画阅的是徐树铮，就是动笔改稿的也是徐树铮。
原因是，在冯的面前，从来没有一个像徐树铮那样能够左右他的意志的人。
冯在用人方面自有主见。他在军事方面用人，无论是在地域上，或是在学历上，都有着他自己的标准，一般要出身于保定陆军军官学堂（陆军大学的前身），而籍贯又是属于直、鲁两省的，才能在他的身旁工作，同时，也才能得到他的信任。他前后所用的一些军事幕僚，像张联棼、师景云、熊炳琦
、陈调元等等，便都合乎他所要求的这个标准。同时，还有一个奇特的现象，冯国璋对于出身于日本士官学校的人，却大多抱着轻视的态度。和他在前清练兵处、军咨处同事过的良弼、哈汉章、卢静远等人，都是日本士官学校第一、二期的学生，在当时，也都已经是“初露头角”的所谓军事人才，可是，冯却特别看不起他们。
一次，冯在和心腹谈到这些人的时候，说过这样的话：“他们连个曹长（日文名称，相当于连司务长职务）都不够，还骄傲什么！”也正是由于冯对于日本“士官生”的一贯看法，所以，他在宣统三年（1911年）就任第一军军统后所做的第一件大事，便是把第四镇统制王遇甲调到军司令部去当参议，而让第八协协统陈光远升任了这个镇的统制。